समझौता एक्सप्रेस धमाके मामले में कांग्रेस ने संघ और बीजेपी पर निशाना साधा है। केंद्रीय विदेश मंत्री सलमान खुर्शीद ने कहा है कि यह देश की सुरक्षा से जुड़ा मामला है और सच सामने आना चाहिए। वहीं गृहमंत्री सुशील कुमार शिंदे ने असीमानंद के बयान में सच्चाई होने की बात कही है। कांग्रेस इस मामले ने सीबीआई जांच की भी मांग की है। कांग्रेस नेता और केंद्रीय मंत्री बेनी प्रसाद वर्मा ने तो आरएसएस चीफ मोहन भागवत की गिरफ्तारी की मांग कर डाली है। बसपा अध्यक्ष मायावती ने भी आरोपों की जांच सीबीआई से कराए जाने की मांग की है।
बीजेपी और संघ ने संघ प्रमुख मोहन भागवत पर लगाए आरोपों को बेबुनियाद बताया है। बीजेपी प्रवक्ता मुख्तार अब्बास नकवी ने कांग्रेस पर षड्यंत्र का आरोप लगाते हुए कहा है कि चुनाव नजदीक होने के कारण कांग्रेस ऐसे मुद्दों को हवा दे रही है। एक अन्य प्रवक्ता प्रकाश जावड़ेकर ने कहा कि ऐसा कोई इंटरव्यू हुआ ही नहीं है।
2007 में हुए समझौता ब्लास्ट केस के मुख्य आरोपी स्वामी असीमानंद ने धमाकों के लिए कथित तौर पर संघ प्रमुख मोहन भागवत को जिम्मेदार बताया था। उन्होंने 'कैरावन'मैग्जीन को दिए इंटरव्यू में दावा किया कि मुस्लिम इलाकों में जो भी धमाके हुए थे उसकी मंजूरी खुद मोहन भागवत ने दी थी। असीमानंद ने यह भी दावा किया है इन धमाकों को हरी झंडी देने में संघ के वरिष्ठ पदाधिकारी इंद्रेश कुमार भी शामिल थे। भाजपा, संघ और असीमानंद के वकील के मुताबिक ऐसा कोई इंटरव्यू हुआ ही नहीं। लेकिन, पत्रिका अपने दावे पर अडिग है। उसने दावे की पुष्टि के लिए ऑडियो भी जारी किया है।